Voor veel ouders is de doop van hun kinderen in de Ekklesia Amsterdam een gebaar van welkom heten: ‘We zijn blij dat je er bent, en we willen dat je je opgenomen weet in een gemeenschap die groter is dan die van het gezin en de familie. We spreken de intentie uit dat we je mee willen nemen in het grote verhaal zoals dat in de ekklesia verteld, vertolkt en uitgelegd wordt. Een verhaal dat gaat over een betere wereld dan deze; over een toekomst van gerechtigheid voor alle mensen.’ Dat is uiteindelijk ook wat we bedoelen als we het hebben over God, Jezus, zonde, vergeving (‘verzoening’) en bevrijding (‘verlossing’).
Aan het dopen verbinden wij geen diepzinnige theologie. Wij zeggen ook niet dat je door gedoopt te worden iets als ‘lidmaat’ wordt van één bepaalde kerk. We verbinden aan de doop ook geen geloofsbelijdenis. Daaruit volgt niet dat we niets geloven, maar dat leggen we niet vast in één formule. We houden dat zoveel mogelijk open in het gesprek met elkaar, en er is ook alle ruimte voor twijfel, vragen en niet-weten. In de regel is er met doopouders wel een gesprek voordat zij hier komen om hun kind te laten dopen.