Ekklesia Amsterdam geeft daadwerkelijke steun aan en/of houdt extra collectes voor de volgende doelen:
- Stichting Kifaia ondersteunt basis gezondheidszorg en zorg voor chronisch zieken en gehandicapten in de Gazastrook.
- De Kloof is een inloophuis voor dak- en thuislozen op de Kloveniersburgwal.
- Het Wereldhuis van de diaconie van de Protestantse Kerk Amsterdam, waar mensen zonder verblijfspapieren worden opgevangen.
- In de Adventstijd worden voedselinzamelingen gehouden voor de Voedselbank.